En 2009, Kobe Bryant y los Lakers volvieron a la final de la NBA de 2009, esta vez para derrotar a Dwight Howard y sus Orlando Magic para llevar a los angelinos a su decimoquinto título de la NBA. En la siguiente temporada los Lakers ficharon a Karl Malone y a Gary Payton, quienes redujeron considerablemente sus salarios para incorporarse al equipo. El plantel de esa temporada 1996/97 contaba con jugadores de absoluta relevancia como los casos de Byron Wilson (EE. El 23 de enero de 2020, fue elegido como capitán de la Conferencia Oeste, para el All-Star de 2020 por segundo año consecutivo. Tras siete años de sequía, en la temporada 2003/04 llegó el segundo lauro en la Liga Nacional, esta vez con Sergio Santos Hernández como entrenador, tras vencer por 4-2 en la serie final a Gimnasia y Esgrima La Plata.
En la temporada 2009/10 de la Liga Nacional consigue un importante cuarto puesto, tras caer eliminado en semifinales ante Peñarol de Mar del Plata, superando las expectativas previas al inicio del torneo. En la temporada 1988-89 acabaron la liga regular con un mediocre balance de 42-40, siendo eliminados en la primera ronda de los playoffs nuevamente por los Pistons. En 1996, se inauguró, en el barrio de La Boca, el Estadio Luis Conde, mejor conocido como «La Bombonerita», donde el conjunto azul y oro tendría garantizada su localía.Un año después, Boca obtuvo por primera vez la Liga Nacional. En lo deportivo no hubo títulos y se acusó nuevamente una temprana eliminación en la Liga de Campeones por sexta vez consecutiva con la que se perdió la condición de «cabeza de serie» de la competición.
Finalmente Boca ganó la serie por 3-0 y, de esta manera, mantendrá su lugar en la liga de vanguardia del básquetbol argentino. Las inferiores del Club Atlético Boca Juniors aportaron un total de cuatro campeones del mundo a la Selección de fútbol de Argentina. Además, basándose en el porcentaje que acapara en Argentina (entre 40,4% y 46,8% según diferentes encuestas), no hay ningún equipo del mundo que abarque con sus hinchas una porción tan grande de su país. Es por ello que los clubes más influyentes o fundadores comenzaron a desmarcarse del proyecto ECA para retomarlo por su cuenta. Además, es actualmente el 3.º club más ganador de Liga Nacional, y el club argentino que más veces ganó el Campeonato Sudamericano de Clubes (3), junto con Ferro Carril Oeste. Como resultado de estos inconvenientes, el club estuvo muy cerca de perder su plaza en la liga nacional.
Esto obligó al club a jugar una eliminatoria al mejor de 5 partidos para evitar el descenso a la segunda categoría de la liga contra el club Argentino de Junín, último clasificado de la fase regular. El equipo no encontró respuestas y deambuló en la zona baja de la tabla, para finalmente acabar en el puesto 17, con 13 partidos ganados y 17 perdidos. Donde le ganó a los mejores equipos y perdió partidos increíbles. También, entre 2005 y 2007, Boca Juniors prestó su nombre y apoyo para patrocinar a un equipo de automovilismo, en la categoría Top Race, en su nueva divisional TRV6. También perdieron contra el equipo griego en las semifinales del Campeonato Mundial de Baloncesto de 2006, que ganó España.
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